1998 г. — библиотека №24 официально получила статус Библиотека-музей им. П.Д. Пономарёва (приказ Управления культуры №43 от 03.03.98).
1999 г. — внедрение платных услуг: аренда помещений, ксерокопирование, платный абонемент. Общая сумма внебюджетных доходов составила 143 334 рубля.
Валентина Михайловна Ролева, заведующая библиотекой №2, удостоена звания «Заслуженный работник культуры РФ».
1997 г. — библиотеке №24 передана в дар коллекция предметов крестьянского быта и декоративно-прикладного творчества от исследователя народного костюма П.Д. Пономарёва.
На базе библиотеки формируется будущий музей, открытый для читателей и гостей.
1994 г. — в состав ЦБС вошли 7 сельских библиотек: №16, №31, №33, №36, №42, №44, №45. Их включение позволило сохранить доступ к библиотечным услугам в сельской местности.
Организовано централизованное комплектование фондов и методическое руководство для сельских филиалов.
На базе библиотеки №1 открыт Деловой информационный центр.
1995 г. — утверждён Устав ЦБС, учреждение получило статус муниципального.
ЦГДБ им. С.Я. Маршака — победитель Всероссийского конкурса-фестиваля «Дети и книга».
В начале 1990-х основным вызовом для библиотек стало выживание и сохранение целостности системы. Благодаря профессионализму нескольких поколений библиотекарей, ЦБС успешно адаптировалась к новым условиям.
С 1 апреля 1990 года внедрены новые условия хозяйствования, начат поиск дополнительных источников финансирования и партнёрских связей.
С 1 октября 1990 года ЦБС отнесена к 1-й группе по оплате труда согласно новым условиям оплаты для работников культуры.
Созданы библиотеки семейного чтения №3, №9 и №19 на базе объединённых детских и взрослых филиалов.
Получены новые помещения для библиотек: №41, №24, №12, №17, №36, №46, №27, №5, №16.
Открыт 2-й пункт выдачи библиотеки №29 по адресу: ул. Набережная авиастроителей, 28.
1992 г. — создан клуб библиотекарей «Вдохновение» для обмена опытом и повышения квалификации.
1993 г. — проведён смотр-конкурс библиотек для выявления творческого потенциала и перспектив развития.
Таисия Григорьевна Евлакова, директор ЦБС, удостоена звания «Заслуженный работник культуры РФ».